El regreso de Itachi y la huida de Sasuke

Esta saga nos muestra un recuerdo de Sakura recordando unas palabras de Sasuke, diciendo que Naruto la salvó de Gaara, por lo que nos muestra por primera vez que le dirige una mirada tierna y dulce a Naruto, que estaba en medio de un vano intento de hacer el Chidori.

El golpe decisivo para Sakura fue la decisión de Sasuke de abandonar Konoha, a pesar de que ella tratara de persuadirlo declarándole su amor y proponiéndole una vida juntos, pero no funciona, sin embargo Sasuke tiene un minusculo correspondimiento al amor de Sakura, y antes de partir le da las gracias, para luego dejarla inconsciente.

Sakura piensa que el único que puede traer de vuelta a Sasuke es Naruto, por lo que al enterarse de que Naruto va en una misión de rescate (liderada por Shikamaru) en busca de Sasuke, ésta le ruega que lo traiga de vuelta. Naruto se lo promete, pero la misión fracasa. Tras el fallido rescate, Sakura está decidida a no depender más de sus compañeros; debe hacerse más fuerte para traer a Sasuke de vuelta y proteger a sus dos compañeros para volver a ser el equipo que alguna vez fueron; es entonces cuando le pide a Tsunade, la 5ª Hokage, que la entrene como ninja médico. Ésta decide para sus adentros que no será la niña débil de siempre y tratará de ganarse el respeto de todos.