Derrota ante Itachi y huida de Konoha

Cuando Sasuke ya parecía libre de peligro, con el sello controlado y en paz, estudiando con Naruto y Sakura, su hermano reaparece en Konoha en busca de Naruto, Sasuke trata de enfrentarse a él pero es humillado de nuevo por su hermano y su Mangekyō Sharingan, que lo deja vivo sólo para que se haga más fuerte de nuevo antes de retirarse gracias a la intervención de Jiraiya.

Lamentándose de lo débil que es aún y viendo que Naruto ha obtenido más poder que él, Sasuke vuelve a dejarse llevar por sus recuerdos, momento que aprovecha Orochimaru para capturarle a través de cuatro de "Los Cinco del Sonido" para recordarle su objetivo de venganza y prometerle poder en su bando. Sasuke abandona Konoha, siendo perseguido por el Equipo de Shikamaru, integrado por Shikamaru Nara, Choji Akimichi, Naruto Uzumaki, Neji Hyuga y Kiba Inuzuka. Éstos se enfrentan a Los Cinco del Sonido, Jiroubo, Kidomaru, Tayuya, los hermanos Sakon y Ukon (unidos en un mismo cuerpo) y Kimimaro, que llega más tarde, siendo ayudados por Rock Lee, Gaara, Kankuro y Temari.

Al final se quedan solos Naruto y Sasuke en el Valle del Fin, donde tiene lugar un largo combate entre ellos, en el que el Sharingan de Sasuke evoluciona y emplea el segundo nivel del sello maldito, mientras que Naruto se salva de morir atravesado por el Chidori gracias a Kyubi, que por dos veces le da chakra cuando estaba prácticamente derrotado. Durante el combate, Sasuke admite que Naruto se ha convertido en su mejor amigo, razón por la cual quiere matarle y así obtener el Mangekyō Sharingan, al igual que hizo su hermano. Finalmente el joven Uchiha logra derrotar al Rasengan y a la cola de Kyūbi de Naruto con su Chidori, pero en vez de matarlo decide que no usará el método de Itachi para aumentar sus poderes, por lo que busca poder con Orochimaru, renunciando a sus amigos y compañeros.